El Monasterio de la Rábida se alza sobre un "Cabezo" o alcor en la confluencia misma del Tinto-Odiel. Desde aquí, fundidas sus aguas, en el llamado Canal del Padre Santo, rendirán cauce en "la Mar Océana", tras doblar la Barra de Saltés. Eran las "ocho de la mañana" de aquel memorable Tres de Agosto, anota Colón en su Diario, cuando la Flotilla Descubridora alcanza este punto. En realidad, en este momento empezaba la Aventura. El emplazamiento es ciertamente emblemático. En una de las salas se exhiben unas serie de cerámicas encontradas en el lugar, que atestiguan el paso de fenicios, romanos, almohades y visigodos. De la arquitectura anterior, nos queda la que sirve hoy de puerta reglar, (antigua entrada a la "Rábita" musulmana), el muro norte de la iglesia y la capilla donde hoy se venera la Imagen de Santa María de la Rábida de los Milagros y también se conserva el Claustro Mudéjar. La Leyenda es abundante, minuciosa y variada, incluso alcanza a la presencia misma de San Francisco de Asís. Sí es interesante puntualizar, que en la Isla de Saltés, que hasta 1835 perteneció al Monasterio, pudo situarse la mítica Tartesos.
Su arquitectura hoy, produce desconcierto al visitante que llega. La estampa, bella, por andaluza y franciscana, de su blanca fachada, evoca más bien una construcción de siglo XVV. El recorrido por sus interiores, nos conduce por una amalgama de estilos y épocas, que requieren una explicación. Esta es sencilla: el terremoto de Lisboa en 1755, que resultaría devastador en toda la Andalucía Occidental. De la construcción original, conocida por Colón, quedan en pie: los arcos de entrada en la Portería, muros de la Iglesia, Capillas y el Claustro Mudéjar bajo. Este último, verdadera joya del mudéjar popular o franciscano, marca la pauta para imaginar el conjunto de la Época del descubrimiento.
En realidad, aunque en escritos antiguos se denomine " Monasterio ", su nomenclatura dentro de la Orden franciscana es de Convento y, en la Reforma, a la que pertenecía: " Eremitorio ". A la Historia ha pasado con el de Monasterio, con el que hoy se conoce. Sus dos mil metros de planta, se dividen en tres partes: IGLESIA, CLAUSTRO DE LA HOSPEDRÍA Y CLAUSTRO DE LA COMUNIDAD. En este último, que corresponde al Mudéjar actual se aposentaba una comunidad de doce frailes, en memoria de los doce Apóstoles de Cristo. El primero, o de la Hospedería, servía para recibir, tanto a marineros en apuros, como a las gentes del contorno que se acogían dentro de sus muros a " derecho de Sagrado ", ante incursiones de piratas o sarracenos.